Il est difficile de déterminer si l'on parle de sons, syllabes ou phonèmes car les Japonais mélangent généralement ces notions. Les Japonais n'entendent pas les mots par suite de consonnes et de voyelles (comme le font les francophones) mais par suite de sons, un son étant composé d'une consonne et d'une voyelle, d'une voyelle seule ou du N final.
Par souci de simplicité, nous parlerons dans les pages qui suivent de "sons", puisque c'est le terme qui a le sens le plus large et se rapproche le plus de la notion japonaise.

L'ordre alphabétique japonais est le GOJÛONJUN (godjou onjoune), soit "l'ordre des cinquante sons". Il se compose de cinq séries de consonnes non-voisées associées aux cinq voyelles phonétiques :
A KA SA TA NA HA MA YA RA WA
I KI SHI CHI TCHI NI HI MI RI
U KU SU TSU NU HU MU YU RU
E KE SE TE NE HE ME RE
O KO SO TO NO HO MO YO RO WO.

Les consonnes voisées suivent leurs consonnes correspondantes non-voisées. Le GA suit le KA, le ZA suit le SA, le DA suit le TA, BA suit le HA, et le PA suit le BA. La série des A étendue devient :
A KA GA SA ZA TA DA NA HA BA PA MA YA RA WA. C'est l'ordre utilisé dans les dictionnaires.

On remarque que toute les séries ne comportent pas le même nombre de sons car certains sons n'existent simplement pas en japonais.

Il existe aussi un ordre alphabétique traditionnel, exprimé sous la forme d'un poème (ou chant) comportant tous les sons une seule fois. Il n’est plus beaucoup utilisé de nos jours. On le retrouve parfois encore comme numérateur de liste (comme équivalent de 1, 2, 3, etc.) ou comme nom de restaurant, mais cela ne dépasse guère les 5 ou 6 premières syllabes.
I RO HA NI HO HE TO CHI RI NU RU WO
WA KA YO TA RE SO TSU NE NA RA MU
U WI NO O KU YA MA KE HU KO E TE
A SA KI YU ME MI SHI WE HI MO SE SU.

On remarque la présence dans cet alphabet de WO, WI et WE. Ces sons ne sont plus utilisés et sont prononcés depuis longtemps O, I et E.
(Le WO se distingue car le caractère qui le représente est toujours utilisé dans un cas particulier, mais il est tout de même prononcé O.)

Notez bien l'absence de certains sons : SI, TI, TU, ZI, DI et DU. Ces sons ne sont pas utilisés en japonais.

Les allongements de voyelles sont la bête noire des francophones. Les francophones sont incapables, sauf cas particuliers, de distinguer un son normal d'un son allongé. Pourtant, ils ne sont pas difficiles à prononcer, puisqu'il s'agit de prononcer plus longtemps la syllabe allongée. Cela dit, il est recommandé de s'entraîner à les distinguer car ils font pleinement partie de la langue japonaise.

Les allongements de voyelles se notent normalement A, I, U, E, O. Par commodité, nous les noterons plus généralement avec l'accent circonflexe ou la répétition de la voyelle.

Les doublements de consonnes (ou "consonnes géminées") ne sont pas facile à distinguer au début. Il s'agit de prononcer deux fois la consonne avec un court temps d'arrêt entre les deux, un peu comme le "t" dans "At...tchoum !".

Le doublement peut se faire avec les consonnes BB, CC, DD, FF, GG, HH, JJ, KK, PP, RR, SS, TT, VV et ZZ.

Ces sons "rajoutés" ne sont pas toujorus réellement prononcés par les Japonais, mais ils offrent tout de même la possibilité d'exprimer certains mots étrangers qui seraient fortement déformés sans ces sons.
Cela dit, le fait de déformer fortement certain sons n'empêchent pas les Japonais de les utiliser un peu partout, pour des noms de marque, etc.

Attention à na pas confondre le TI et le TU de la méthode Hepburn avec le TI et le TU de la méthode Kunrei. En effet, en méthode Kunrei, les sons "tchi" et "tsu" s'écrivent TI et TU.